گویند که او از قبیله «ازد» در کوفه بوده است و شغل او داروفروش و به جنبش سر عباسیان پیوسته بود. او جزو داعیانی بود که بزرگان جنبش او را برای دعوت مردم خراسان انتخاب کرده بودند. جابر سالهای جوانی را در طوس بود و طبق تاریخ (ابن ندیم) به علت مناسب بودن آب و هوای کوفه بعدا در کوفه مشغول به کار شد و به شغل کیمیا گری و "اکسیر" پرداخت. در سالهای میانی زندگیش، به عراق و بغداد آمد، با جعفر برمکی آشنا شد و با وساطت او به دربار هارون الرشید پنجمین خلیفه عباسی رفت. برمکیان که خودشان به کیمیا علاقه زیادی داشتند از جابر حمایت کردند. ظاهرا او کتاب درباره صناعت فاخر کیمیا، برای جعفر برمکی نگاشته بود و در این کتاب، آزمایش های عجیبی را درباره یک روش بسیار پیشرفته کیمیا گری وصف کرده بود. سال 188 هـ ق، با افول برمکیان در زمان هارون الرشید، جابر از دربار بغداد کناره گرفت و به کوفه برگشت و زندگی مخفیانه اش را در کوفه ادامه داد. اینکه صفت کوفی در روایات زیادی به دنبال نام جابر آمده نشانگر زادگاه او نیست بلکه بیشتر به این علت است که او مدتها در کوفه اقامت داشت.
جابر و امام صادق علیه السلام
درباره این مطلب که آیا جابر از شاگردان امام صادق علیه السلام بوده یا نه؟ بحث های زیادی شده است. در مهم ترین منابع نخستین رجال شیعه، مانند کشی، نجاشی و شیخ طوسی که آثارشان به دست ما رسیده نامی از جابر نمی برند که در میان اصحاب امام صادق ذکر کنند ولی عده ای از مولفان از جمله ابن ندیم، سید طاووس، ابن خلکان و تستری و پاره منابع متاخره مانند حسین بن محمد زیدی حسینی مولف «دستورالمنجمین» و دیگران، تصریح دارند بر اینکه او از شاگردان امام جعفر صادق علیه السلام بود ( با توجه به علاقه زیاد او به فلسفه و گرایش او به عرفان، برمی آید که او پیوسته در محفل امام صادق و در مکتب آن حضرت بوده است). البته باید این ارتباط کوتاه مدت باشد زیرا شهادت امام صادق حدود 20 سال بعد از تولد جابر اتفاق افتاد.
اعتقادات جابر
جابر هم شیعه، هم فیلسوف و هم کیمیاگر (شیمیدان) بوده است. او در سیاست، شیعه، در بحث و استدلال فیلسوف و در علم و دانش، شیمیدان بود. بالاتر از همه اینها او یک صوفی بود. آنچنان که پسوند صوفی را همچون جزئی از نام خود پیوسته به همراه داشت و به نام جابر بن حیان صوفی خوانده می‌شد. نام امام جعفر صادق فراوان در کتابهای جابر آمده است، زیرا وی از شاگردان امام جعفر صادق بوده است. ارتباط جابر با امام جعفر صادق باید کوتاه مدت بوده باشد، زیرا شهادت امام جعفرصادق در سال ۷۶۵ میلادی یعنی حدود بیست سال پس از ولادت جابر، اتفاق افتاده است.
 منزلت جابر در علم شیمی
جابر نخستین شیمیدان ایرانی است. وی اولین کسی است که به علم شیمی شهرت و آوازه بخشید و بی‌تردید نخستین مسلمانی است که شایستگی کسب عنوان شیمیدان را دارد. بعضی عقیده بر این دارند که وی عرب بوده اما اینطور نبوده است. ظاهراً همین بلندی مقام، پرآوازگی و دانش عظیم او موجب شده است که بعضی او را مورد قدردانی و ستایش و بعضی دیگر مورد حسادت و کینه‌توزی خود قراردهند.
 اکسیر و عقیده جابر درباره آن
عقیده براین بود همچنان که طبیعت می‌تواند اشیا را به یکدیگر تبدیل کند، مانند تبدیل خاک و آب به گیاه و تبدیل گیاه به موم و عسل به‌وسیله زنبور عسل و تبدیل قلع به نقره در زیر زمین و … کیمیاگر نیز می‌تواند با تقلید از طبیعت و استفاده از تجربه‌ها و آزمایشها همان کار طبیعت را در مدت زمانی کوتاهتر انجام دهد. اما کیمیاگر برای اینکه بتواند یک شیء را به شیء دیگر تبدیل کند، به‌وسیله‌ای نیازمند است که اصطلاحا آن را اکسیر می‌نامند.
اکسیر در علم کیمیا، به منزله دارو در علم پزشکی است. جابر اکسیر را که از آن در کارهای کیمیایی خود استفاده می‌کرد، ازانواع موجودات سه گانه (فلزات، حیوانات و گیاهان) به دست می‌آورد. او خود، در این زمینه می‌گوید: هفت نوع اکسیر وجود دارد:
•    اکسیر فلزی: اکسیر بدست آمده از فلزات.
•    اکسیر حیوانی: اکسیر بدست آمده از حیوانات.
•    اکسیر گیاهی: اکسیر بدست آمده از گیاهان.
•    اکسیر حیوانی - گیاهی: اکسیر بدست آمده ازامتزاج مواد حیوانی و گیاهی.
•    اکسیر فلزی - گیاهی: اکسیر بدست آمده از امتزاج موادفلزی و گیاهی.
•    اکسیر فلزی - حیوانی: اکسیر بدست آمده از امتزاج مواد فلزی و حیوانی.
•    اکسیر فلزی - حیوانی - گیاهی: اکسیر بدست آمده از امتزاج مواد فلزی و گیاهی و حیوانی.
 عقیده جابر درباره فلزات
فلزات اصلی هفت تاست: طلا، نقره، مس، آهن، سرب، جیوه و قلع
این فلزات به تعبیر جابر قانون صنعت را تشکیل می‌دهند. به عبارت دیگر قوانین علم کیمیا بر این هفت فلز استوار است. با این حال، خود این کانی‌ها از ترکیب دو کانی اساسی، یعنی گوگرد و جیوه بوجود می‌آیند که به نسبتهای مختلف، در دل زمین، باهم ترکیب می‌شوند. بنابراین، تفاوت میان فلزات هفتگانه تنها یک تفاوت عرضی وجود دارد نه جوهری که محصول تفاوت نسبت ترکیب گوگرد و جیوه در آن است. اما طبیعت هر یک از گوگرد و جیوه تابع دو عامل زمینی و زمانی است. به عبارت دیگر، تفاوت خاک زمینی که این دو کانی در آن بوجود می‌آیند و همچنین تفاوت وضعیت کواکب به هنگام پیدایش آنها موجب می‌شود که طبیعت گوگرد و یا جیوه تفاوت پیدا کند.
 تعریف جابر از بعضی فلزات و تبدیل آنها
•    قلع
دارای چهار طبع است. ظاهر آن، سرد و تر و نرم و باطنش گرم و خشک و سخت … پس هرگاه صفات ظاهر قلع به درون آن برده شود و صفات باطنی آن به بیرون آورده شود، ظاهرش خشک و در نتیجه قلع به آهن تبدیل می‌شود.
•    آهن
از چهار طبع پدید آمده است که از میان آنها، دو طبع، یعنی حرارت و خشکی شدید به ظاهر آن اختصاص دارد و دو طبع دیگر یعنی برودت و رطوبت به باطن آن. ظاهر آن، سخت و باطن آن نرم است. ظاهر هیچ جسمی به سختی ظاهر آن نیست. همچنین نرمی باطن آن به اندازه سختی ظاهرش است. از میان فلزات جیوه مانند آهن است. زیرا ظاهر آن آهن و باطن آن جیوه است.
•    طلا
ظاهر آن گرم و تر و باطنش سرد و خشک است. پس جمیع اجسام (فلزات) را به این طبع برگردان. چون طبعی معتدل است.
•    زهره( مس(
گرم و خشک است ولی خشکی آن از خشکی آهن کمتر است زیرا طبع اصلی مس، همچون طلا، گرم و تر بوده است اما در آمدن خشکی بر آن، آن را فاسد کرده است. لذا با از میان بردن خشکی، مس به طبع اولیه خود برمی‌گردد.
•    جیوه
طبع ظاهری آن سرد و تر و نرم و طبع باطنی‌اش گرم و خشک و سخت است. بنابراین ظاهر آن، همان جیوه و باطنش آهن است. برای آن که جیوه را به اصل آن یعنی طلا برگردانی، ابتدا باید آن را به نقره تبدیل کنی.
•    نقره
اصل نخست آن، طلا است ولی با غلبه طبایع برودت و یبوست، طلا به درون منتقل شده است و در نتیجه ظاهر فلز، نقره و باطن آن طلا گردیده است. بنابراین اگر بخواهی آن را به اصلش یعنی طلا برگردانی، برودت آن را به درون انتقال ده، حرارت آن آشکار می‌شود. سپس خشکی آن را به درون منتقل کن، در نتیجه، رطوبت آشکار و نقره تبدیل به طلا می‌شود.
آثار
او مولفی پرکار و پرتلاش بود. تالیفات بسیار زیادی به او نسبت دادند که تقریبا شامل همه علومی است که به مسلمانان منتقل شده ولی باید اعتراف کرد که اینهمه آثار، نمی تواند کار یکنفر باشد بلکه به مکتبی تعلق دارد که بنام مکتب حابری شناخته شده است. شمار تالیفات مجموعه جابری از کتب و رسالات را تا 500 مجلد گفته و مجموع این رسایل که نزدیک به 1000 صفحه است عبارتند از: اسرارالکیمیا، علم الهمیه، اصول الکیمیا، الخمیس، السموم، الرحمه، تصیحات کتب افلاطون، الخمائر، النور، رساله الایضاح، التجرید، اسطقس ثالث، الواحدالکبیر، الشعیر، الواحدالصغیر و دهها کتب و رساله دیگر. 2 کتاب او بنام "کتاب السبعین" و "کتاب المیزان" شالوده کیمیای اسلامی است. بسیاری از کتب منسوب به جابر، اصل عربی در دست نیست و فقط ترجمه های لاتینی آن موجود است.